A Câmara está diretamente ligada à Presidência da FGV e conta com uma estrutura administrativa formada por uma Diretoria Executiva, a qual é assessorada pela Diretoria Jurídica, pela Comissão de Arbitragem e pelo Conselho Superior.
Ao longo desses mais de 20 anos de história, a Câmara teve dois diretores executivos. A primeira gestão foi do professor Julian Chacel e, atualmente, a entidade é dirigida pela professora e advogada Juliana Loss. A nova gestão, que iniciou em fevereiro de 2022, tem proposto um novo dinamismo e mudanças que têm o seguinte foco de atuação: aprimorar e modernizar a gestão dos procedimentos; expansão das áreas de atuação; ampliação do escopo de atividades; consolidação de um centro de produção de conhecimento de excelência, por meio de parcerias com unidades da FGV e outras instituições de ensino e pesquisa com reconhecimento no Brasil e no exterior.